1. Lãnh đạo Vườn có Giám đốc và không quá 02 Phó giám đốc do Tổng cục trưởng bổ nhiệm, miễn nhiệm theo quy định.

a) Giám đốc đồng thời là Hạt trưởng Hạt Kiểm lâm, điều hành toàn bộ hoạt động của Vườn, chịu trách nhiệm trước Tổng cục trưởng Tổng cục lâm nghiệp và trước pháp luật về hoạt động của Vườn; quy định chức năng, nhiệm vụ của các tổ chức thuộc Vườn; chỉ đạo xây dựng, ban hành và tổ chức thực hiện quy chế làm việc của Vườn; bố trí công chức, viên chức, người lao động phù hợp với nhiệm vụ được giao.

b) Phó giám đốc Vườn giúp Giám đốc Vườn theo dõi, chỉ đạo một số mặt công tác theo sự phân công của Giám đốc và chịu trách nhiệm trước Giám đốc, trước pháp luật về nhiệm vụ được phân công phụ trách hoặc ủy quyền.

2. Các phòng chuyên môn:

a) Phòng Tổ chức, Hành chính;

b) Phòng Kế hoạch, Tài chính;

c) Phòng Khoa học và Hợp tác quốc tế;

3. Các đơn vị trực thuộc

a) Hạt kiểm lâm;

b) Trung tâm Giáo dục môi trường và Dịch vụ;

c) Trung tâm cứu hộ, bảo tồn và phát triển sinh vật.