- Ban giám đốc
Vườn quốc gia Bạch Mã có Giám đốc và các Phó Giám đốc theo quy định của pháp luật.
Giám đốc chịu trách nhiệm trước Cục trưởng và trước pháp luật về mọi hoạt động của Vườn; trình Cục trưởng ban hành quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các Trung tâm, Hạt Kiểm lâm trực thuộc Vườn; quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của các Phòng trực thuộc Vườn; ban hành quy chế làm việc và điều hành hoạt động của Vườn.
Phó Giám đốc giúp Giám đốc theo dõi, chỉ đạo một số mặt công tác theo phân công của Giám đốc, chịu trách nhiệm trước Giám đốc và trước pháp luật về lĩnh vực công tác được phân công.
- Cơ cấu tổ chức:
1. Phòng Tổ chức, Hành chính.
2. Phòng Kế hoạch, Tài chính.
3. Phòng Khoa học và Hợp tác quốc tế.
4. Trung tâm Giáo dục môi trường và Dịch vụ.
5. Trung tâm Cứu hộ, Bảo tồn và Phát triển sinh vật.
6. Hạt Kiểm lâm.